Trong truyện tranh “Cô Bạn Wakao-San Bàn Bên Có Vẻ Nhìn Thấy Gương Mặt Của Tôi Nhưng Tôi Thì Không”, câu chuyện bắt đầu ở một ngôi trường trung học ở Nhật Bản. Nhân vật chính là Haru, một cậu học sinh bình thường với niềm đam mê vẽ tranh. Trong lớp học của Haru, có một cô bạn tên Wakao-San, người luôn khoá mình trong “bàn bên” và không bao giờ chịu tiếp xúc với ai khác.

Haru luôn để ý đến Wakao-San vì vẻ đẹp bí ẩn và sự cá tính mạnh mẽ của cô. Một ngày, khi Haru ngồi trong thư viện vẽ tranh, anh vô tình vẽ một bức tranh của Wakao-San mà không hề biết. Khi hoàn thành, Haru nhận ra đó chính là bức tranh tốt nhất mà anh từng vẽ.

Từ đó, Haru cố gắng tiếp cận và tìm hiểu về Wakao-San để có thêm cảm hứng vẽ tranh. Tuy nhiên, mọi nỗ lực đều bất thành vì Wakao-San vẫn giữ khoảng cách với mọi người. Trải qua nhiều tình huống dở khóc dở cười, Haru dần nhận ra rằng Wakao-San thực chất là người bạn thân thiết của mình từ thuở nhỏ, nhưng do một sự hiểu lầm nên cô đã ẩn mình khỏi mọi ánh sáng.

Cuối cùng, qua những tình tiết hài hước và lãng mạn, Haru đã giúp Wakao-San vượt qua nỗi ám ảnh và tự tin trở lại với mọi người. Hai người họ dần hiểu rõ tình cảm của mình và bắt đầu một mối quan hệ ngọt ngào. Truyện tranh kết thúc với Haru và Wakao-San cùng nhau vẽ bức tranh thể hiện tình bạn và tình yêu của họ, mang đến một cái kết đầy ấn tượng và sáng tạo.